Konvent
Z hlediska prvotního uspořádání dispozice kláštera nemáme velmi mnoho zpráv. Základní kámen nového špitálu u Kamenného mostu byl položen 21. května 1252. Po necelém roce byl už klášter, anebo alespoň špitál v provozu. Po roce 1378, kdy celý areál vyhořel, byly postupně po kostele nově vybudovány i budovy konventu spolu se špitálem.
Po přestávce způsobené především husitskými válkami a následnou konsolidací hospodářských poměrů v řádu, přikročil velmistr Václav z Hradešína okolo roku 1526 ke stavbě nového špitálu. U konventu bylo vybudováno silné hospodářské zázemí pro fungování řádového domu a života v něm.
Celý klášter a především budovy generalátu se špitálem u Karlova mostu byly silně poškozeny při hrdinné obraně Prahy během švédského obléhání v roce 1648. Aby mohl řádový dům fungovat dále po roce 1653, dochází k částečným úpravám. 30. května 1661 se položením základního kamene začíná s budováním nového konventu. K této stavbě se závazal smlouvou ze dne 24. dubna 1661 Carlo Lurago, stavební práce vedl Gaudenzio Casanova a zúčastnil se na jich i kameník Giovanni Battista Spinetti. V květnu 1663 se do traktu v Křížovnické ulici nastěhovali první křižovníci a v červnu zde byla zřízena už i řádová knihovna. Nedostatek finančních prostředků ale způsobil, že se přestavba celého objektu, především křídla generalátu protáhla až do roku 1678. Na stavbě generalátu se špitálem pokračuje podle všeho architekt ranného českého baroka Giovanni Domenico Orsi. Pravděpodobně až po vybudování řádového chrámu se začalo budovat křídlo kláštera situované směrem k Vltavě, nabylo však dokončeno před koncem 17. stol. Menší a postupné úpravy probíhaly v letech 1726, 1728 a 1731. V letech 1740 a 1757 byl opravován generalát. V roce 1846 proběhla zásadní změna v části generalátu, kdy byla budova zvýšena o jedno patro. Na severní straně vznikla přes druhé a třetí patro nová kapitulní síň.
Na začátku 20. stol. se započala poslední avšak největší etapa stavebního vývoje celého areálu, kdy se rozhodlo za velmistra Františka Xavera Marata o jeho celkové asanaci v souvislosti se stavbou vltavských nábřeží a teréní úpravou a také regulací Křižovnické a Platnéřské ulice. Ze starého kláštera je zachovaný generalát a do nádvoří situované trojdílné okno z doby okolo roku 1526. V roce 1903 se přistupuje k velké rekonstrukci generalátu a po ní začíná bourání budov situovaných k řece, k části konventu uprostřed areálu, farní budovy a pivovaru. V roce 1907 křižovníci objednávají u arch. Dr. Josefa Sakaře náčrty nových staveb. Nový klášter byl postaven v letech 1909 resp. 1910-1912 podle návrhu Sakaře pod vedením stavebníka Antonína Novotného. V letech 1910-1911 byla postavena část vlastního kláštera a to směrem k řece Vltavě. V poslední etapě stavby v letech 1911-1912 byla postavena budova farního úřadu v Křižovnické ulici a tak se uzavřeli největší přestavby v dějinách pražského kláštera.
