Jak již u předchozího velmistra řečeno, Jan Lohel (1612 – 1622) byl koadjuto­rem a tudíž po smrti Lambergově automaticky nastoupil na arci­biskupský stolec. V duchu zvolna se zažívající postulační praxe byl rovněž přijat za velmistra Řádu. A nedosti na tom, navíc byl ještě opatem strahovského kláštera. Byl tepelským premonstrá­tem a později zvolen převorem zpustlého kláštera na Strahově. Pro svůj nízký věk nebyl hned opatem zvolen, ale později se mu tato funkce již nevyhnula. Pro strahovský klášter udělal tak mnoho, že bývá nazýván druhým zakladatelem strahovské ka­nonie. Úřad světícího biskupa v Praze odmítal, ale později, když byly jeho pravomoci posíleny, pustil se s vervou do práce. Snažil se nekompromisně stavět proti sílící vlně protestantismu impor­tovaného z Německa. Země byla zásluhou slabé vlády vydána všanc čím dál zpupnější protestantské šlechtě. Direktorium v roce 1619 schválilo konfiskační zákon, jímž vrcholily šikany jimiž byly Řád i Církev již před tím stíhány. Nejeden majetek určený k poskytování péče nemocným a chudým skončil v držení kruhů blízkých Direktoriu. Dlouho však jich neužili, neboť za necelé dva roky již hlavy direktorů prázdnými zraky hleděly z mostní věže na jimi vypleněný křižovnický konvent, jenž svými pro­středky měl hradit jejich Církvi a vlasti nepřátel­ské záměry. Arci­biskup Lohel, když se vrátil v roce 1620 z exilu nabídl všem evangelickým kazatelům smíření a dokonce i kněžské svěcení, ale ti podanou ruku většinou odmítli. Arci­biskup – velmistr – opat Jan se v těžkých dobách počínající třiceti­leté války osvědčil svou odvahou a pevností spojenou s milosrdenstvím. Své poslední odpočinutí nalezl ve strahovské bazilice.