Křižovnický hudební archiv představuje mimořádně cenný a zachovalý fond k hudební kultuře barokní Prahy, i k dějinám chrámové hudby v 17. – 20. století. Po restituci a spojení nekolika sbírek dnes souvisle dokumentuje 300 let repertoáru křižovnického kůru – od stavby dnešního kostela sv. Františka z Assisi (80. léta 17. století) po konec 20. století. Nejcennějším fondem je stará část sbírky, dokládající prestiž křižovnického generalátu jako předního kulturního centra barokní Prahy, s přímými kontakty na evropská centra (mj. Řím, Vídeň, Drážďany, Benátky, Neapol). Obsahuje řadu unikátů a skladeb, komponovaných pravděpodobně na objednávku řádu. Součástí jsou i torza jiných provenienčních celků (např. Gayerova sbírka z pražské katedrály, jezuitika, jednotliviny z pražských kostelů zrušených Josefem II., jednotliviny ze zaniklých archivů pražských Cyrilských jednot, pozůstalosti a autografy chorregentů a skladatelů 19. a 20. století apod.).

Historický hudební archiv (dnes kolem 2000 hudebnin) se zachoval díky péči řádu o vlastní kulturní dědictví a díky povědomí o jeho historické hodnotě. Poprvé byl uspořádán při velké inventuře za velmistra Marata na počátku 20. století, společně se stavbou nové knihovny. V době cecilské reformy, kdy řada jiných podobných sbírek zanikla, byl nepoužívaný archiv hudebnin uložen a uspořádán P. Emiliánem Pauknerem, O.Cr.. V meziválečné době byl odborně katalogizován hudebním historikem Otakarem Kamperem a využíván badateli (O. Horník, O. Kamper, E. Trolda). Tato práce skončila v roce 1942, kdy byl křižovnický konvent přepaden a zabrán jako sídlo Gestapa, O. Kamper byl téhož roku popraven. V roce 1945 byly archiválie včetně hudebnin předány zpět Zemským archivem. Druhý ozbrojený přepad v noci na Velký pátek (13. března) 1950 byl součástí plošné likvidační akce. Křižovnické archiválie byly svezeny do několika institucí, kde byly postupně kompletovány a zpracovávány. Největší část hudební sbírky byla deponována v Muzeu české hudby, kdy byla v letech 1956 – 1992 z velké části odborně restaurována, přesignována a podrobně zkatalogizována. Po restituci byla opět spojena s částmi dochovanými na jiných místech. Díky svému uložení nebyl archiv poškozen během povodní v roce 2002. V současné době je dokončována restituce a zpracování celého archivu, včetně nejnovějších fondů. Vzhledem k tomu, že archiv přestal být badatelské veřejnosti přístupný již v roce 1950 (respektive 1942), jeho zpracování není dokončeno, a za současných podmínek není reálné zpřístupnit cenný celek na odpovídajícím standardu, jsou poskytovány kopie jen ve výjimečných případech, pro konkrétní nekomerční badatelské projekty.

Katalog a podrobný popis historického fondu (respektive jeho větší části, zpracované ve spolupráci Českého muzea hudby a Národní knihovny) je k dispozici v Souborném hudebním katalogu v NK, některé údaje byly zveřejněny v databázi RISM. Rukopisný katalog O. Kampera, který dokumentuje stav archivu před rokem 1942, je uložen v Národním archivu. Dochovaný rukopisný inventář z 30. let 18. století, který si vypůjčil prof. Jiří Fukač z tehdy zrušené řádové knihovny ve Znojmě, se dnes považuje za ztracený.

Ukázky skladeb z hudebního archivu si lze poslechnout zde: