Arnošt Vojtěch hrabě z Harrachu (1623 – 1667) byl posledním velmistrem v období postulace. Ještě jeho nástupce Jan Bedřich hrabě z Waldsteina byl v jistém období zároveň velmistrem i arcibiskupem, ale za okolností zcela odlišných, než bylo zvykem v období postu­lace. Harrach byl již díky své vlivné rodině předurčen ke skvělé kariéře. A dlužno říci, že nebylo třeba litovat, neboť úřady, ji­miž byl pověřován, vykonával nanejvýš vzorně. Již za svých stu­dií v Římě byl jmenován komorníkem a tajemníkem papeže Řehoře XV. Četné kanonikáty byly korunovány volbou arci­biskupem pražským a postulací za velmistra Řádu. Čtyřia­dvacetiletý arci­biskup – velmistr začal horlivě a energicky pracovat na katolické reformaci a zabezpečení náhrady za roz­chvácené církevní majet­ky. Již za tři roky po zvolení arcibisku­pem je (jako 27-miletý) jmenován kardinálem. Do období jeho vlády spadá přenesení ostatků zakladatele premonstrátů sv. Norberta z protestantského Magdeburgu na Strahov. Na Harra­chovu žádost zřídil papež Alexander VII. nová biskupství v Li­toměřicích (1655) a Hradci Králové (1664), čímž se podařilo poněkud efektivněji využít síly oslabené katolické duchovní správy v Čechách. Drama třiceti­leté války přeneslo se v jednom svém dějství roku 1648 rovněž do Prahy, když Hradčany a Malou Stranu obsadila Švédská voj­ska. Kardinál – velmistr byl zajat, ale vykoupil se ze zajetí 50.000 tolary. K tomu, aby nebyl obsazen a vyloupen i zbytek Prahy přispěli svou měrou i křižov­níci, před jejichž konventem odehrá­vala se bitva o Kamenný most. Zásluhou známé studentské legie P. Jiřího Plachého S.I. nepodařilo se Švédům Prahu pokořit do­cela. Jako poděkování Matce Boží a na paměť toho byl pak o dva roky později (1650) vztyčen na Staroměstském náměstí onen známý Mariánský sloup, jehož trosky vložila do svých vratkých základů barbar­ským svatokrádežným činem pozname­naná Masa­rykova repub­lika. Boje se Švédy těžce poškodily ob­jekty kon­ventu a byla tedy započata obnova, jejímž výsledkem byla i současná budova genera­látu (tehdy však ještě o patro nižší).